Depuis 1990, cet établissement est agréé par l'Etat (Ministère chargé de l'Environnement) comme Conservatoire Botanique National. Son territoire d’agrément porte, approximativement, sur les contours naturels du Massif armoricain. Le CBNB a pour mission de d’inventorier, observer, connaître, protéger, conserver, le patrimoine végétal du Nord-Ouest de la France. Dans ce cadre, il assure aussi des missions d'expertise auprès de structures publiques et de sensibilisation du public.